Los impactos en los ecosistemas fluviales serán importantes, amenazando a las poblaciones que dependen directamente de los recursos del río. El proyecto Hidrovía tiene una influencia directa para más de 20 millones de personas, en una región de magnífica riqueza hídrica, que contiene algunas de las tierras más fértiles del planeta, ecosistemas únicos, reservas de biodiversidad y recursos naturales de valor incalculable. Estos ríos son fuente de vida, millones de personas beben su agua, cientos de especies viven y se relacionan con estos importantes cursos fluviales. Lo que se pone en juego para nosotros y las generaciones futuras es demasiado; los gobiernos, sin embargo, en vez de preservar los ríos para la vida, siguen concibiéndolos desde un criterio economicista a corto plazo.

El proyecto actual es uno de los ejes de integración de IIRSA (Iniciativa para la Integración de la Infraestructura Regional Suramericana),
e implica la realización de dragados de apertura y mantenimiento en 92 pasos desde Santa Fe a Corumbá (Brasil)-,  de los cuales 22 se consideran críticos, seis de los cuales en el río Paraguay requieren derrocamientos. Varios especialistas coinciden que los derrocamientos provocarán cambios irreversibles de gran impacto sobre el sistema de humedales interconectados y para la biodiversidad, que se acentuarán en períodos de aguas bajas, ya que cumplen un rol dentro del ciclo hídrico de los ecosistemas húmedos ribereños.

Taller Ecologista, junto a otras organizaciones de la Cuenca del Plata preocupadas por los impactos negativos de la Hidrovía, organizó en 1994 las jornadas tituladas Los Municipios evalúan el proyecto Hidrovía, que se realizaron en Rosario. Desde entonces y como parte de la campaña impulsada por la Coalición Ríos Vivos, publicó  diversos dossiers y artículos referidos al tema, realizó charlas y debates,  efectuó reclamos a gobiernos e instituciones financieras, y acompañó dos quejas en Defensoría del Pueblo de la Nación con otras organizaciones de Argentina. A raíz de una investigación de Taller Ecologista, la Defensoría del Pueblo de la Nación inició una actuación de oficio con respecto al control del dragado en el tramo fluvial Santa Fe-Océano.

Dragado del río Paraná

La concesión del dragado del río Paraná en su vía troncal fluvial Santa Fe-Océano –adjudicada a Hidrovía SA–, es la única privatización de los 90 que el Estado no controla. El dragado del río Paraná sigue sin contar con un Órgano de Control, tal como lo estipula el Decreto 863/93, a pesar de las recomendaciones de la Defensoría de la Nación y de los dictámenes de la Oficina Anticorrupción.
En 1998, después de cinco años de la adjudicación y a raíz de una primera presentación realizada en 1997 por un colectivo de organizaciones de la sociedad civil –entre ellas Taller Ecologista–, la Defensoría del Pueblo de la Nación elevó una recomendación al Gobierno para que cree el Órgano de Control. En abril de 2003, un dictamen de la Oficina Anticorrupción ratificó que el Órgano de Control Independiente todavía no había sido constituido, que el pliego de la concesión favorecía a la empresa, que hubo irregularidades en la adjudicación, y que la gestión de Hidrovía S.A. a cargo de la concesión era ineficiente.
En octubre de 2004, Taller Ecologista y Foro Ecologista de Paraná realizaron una nueva presentación ante la Defensoría de la Nación, a causa de la inexistencia del Órgano de Control y la falta de Estudios de Impacto Ambiental para la profundización del calado en las obras de dragado del río Paraná, propuesto por el gobierno.
Hoy, las islas frente a Rosario sufren una erosión acelerada que ya ha devorado gran cantidad de metros de costa y ocasiona pérdidas económicas en la actividad turística.